2018年10月，四川省委、省政府决定在学院成立中国出土医学文献与文物研究院。2020年8月5日，研究院列入第一批全省重点文化研究院建设单位。2022年11月，“出土医学文献文物保护研究数字实验室”成功入选首批省级哲学社会科学重点实验室名单。2023年获批国家中医药管理局重点研究室“出土医学文献与文物重点研究室”。

研究院院址位于学院十二桥校区，规划院址近3000平方米，下设“三所一室一中心”，建设有四川省社会科学重点基地，现有专兼职研究人员38名，特聘、客座教授15名，并设有一个由中、美、英、日等相关领域内一流专家组成的学术委员会。

目前，研究院已出版《天回医简》《中医百部经典（影印本）》《出土医学文献与文物》集刊等为代表的一系列研究成果，成功举办了2019年和2023年中国出土医学文献与文物国际学术会议，举办了两届“中医百部经典整理研究与继承型人才培养”培训班，连续举办了四届“冷门绝学”继承型人才学术能力提升培训班，创办了学院扁仓书院，与北京大学、复旦大学、中国社会科学院历史学部、中国中医科学院中国医史文献研究所等一流高校院所及科研机构开展了紧密的项目合作。

研究院重点围绕以“天回医简”为代表的出土医学文献与文物整理、阐释研究为主要研究方向，以成都老官山“天回医简”“髹漆经脉人像”为研究特色，持续开展新出土医学简帛整理研究及摹释集成、传世中医古籍再整理与新阐释、“中医百部经典”与“冷门绝学”人才培训，培养一批医学科技考古研究、医学文物保护、中医药文化等领域专业技术人才，建立了中医学与考古学融通研究的科研平台，填补了国内空白。研究院为致力于建成具有重要影响力的中华文化学术研究高地、人才聚集摇篮、对外传播基地以及国际一流出土医学文献与文物研究院而努力奋斗。

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二〇二三年十二月