中国-塔吉克斯坦中医药中心为国家中医药管理局国际合作司中医药国际合作专项（中心类项目）。该中心项目旨在贯彻落实全国中医药大会、《中共中央国务院关于促进中医药传承创新发展的意见》及《中医药“一带一路”发展规划（2016-2020）》的具体任务，履行对外承诺，服务国家总体外交，实施一批重点示范性对外合作项目，落实中医药国际政府间医疗保健、教育培训、科学研究、产业合作和文化交流，促进中医药文化国际传播，推动中医药服务贸易发展。
本中心由学院联合塔吉克斯坦国家传统医学中心在塔吉克斯坦杜尚别进行建设。